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糖化学(基础、反应、合成、分离及结构) - 蔡孟深、李中军 主编

出版日期:2007年2月
糖类化合物与核酸、蛋白质一起并称为三大生命物质,但长期以来,由于其结构的多样性、复杂性,更主要的是由于对其生物学作用的了解比较肤浅,因而糖的化学研究没有受到应有的重视,糖化学的发展十分缓慢。近年来,随着现代分离、分析技术的进步及生物学研究的不断深入,人们对糖类化合物的重要生物学活性有了越来越多的认识。糖类化合物在生物体内的信号传导和生物识别等方面起着重要作用,激发了人类对糖的极大兴趣,而许多与糖相关的新兴学科如糖化学、糖生物学、糖免疫学、化学糖生物学、糖组学等也已形成并得到长足的发展。随着糖生物学的深入发展,糖化学也进入一个快速发展的时期。十余年来,越来越多的化学家和研究组投身于糖化学的研究中,发展出多种糖基化的新方法和新策略,如活性依赖的和预活化的一釜寡糖合成、正交活化的寡糖合成、固相寡糖合成及其自动化、寡糖的组合合成及酶催化的寡糖合成等。可以说,糖的合成化学家已具备了合成任何指定结构寡糖的能力。糖的合成化学的进步,也极大地促进了糖生物学、糖类药物及相关糖科学领域的发展。当然,糖的化学研究(包括分离、分析和合成)仍然是一件非常困难的事情,还远不能与核酸及蛋白质化学的水平相比,对于复杂寡糖的分离及合成在国际上也只有为数不多的实验室才能完成。国内糖化学的研究工作开展于20世纪80年代,由于重视不够,目前从事该领域研究的课题组及人员相比有机化学的其他领域而言是很少的,但大家也在糖化学的研究中做出了各自有特色的工作。北京大学医学部(原北京医科大学)是国内开展糖合成化学研究较早的单位之一,5年前我们已经为药物化学及化学生物学专业的研究生开设了“糖化学”选修课。国际上随着糖化学的发展,尤其是近十余年来,有关糖化学的专著及教材陆续出版,而国内这方面的资料却很少。鉴于此,为了进一步推动国内糖科学研究的开展,吸引和培养更多的糖化学研究的青年人才,在蔡孟深先生的推动和身体力行下,我们集合了北京大学医学部几位多年从事糖的分离、分析、糖合成化学及糖的细胞生物学研究的青年学者,结合各自多年来研究工作的成果及国内外糖化学研究的最新进展,在过去开设的“糖化学”选修课的基础上,完成了这本“糖化学”教材。本书共分12章。第1章详细地介绍了糖类化合物的分类、结构类型及命名;第2章介绍了糖苷、寡糖合成及糖环修饰过程中涉及到的保护基;第3章为糖基化反应以外的糖环上的修饰反应;第4、6、7章分别系统地介绍了糖苷、寡糖及糖缀合物合成的方法、策略及国内外的新进展;第5章详细地介绍了寡糖固相及组合合成的研究情况及进展;第8章介绍了目前用于催化糖基化反应的酶的类型、酶促反应的应用范围,酶促及多酶联用技术的发展及其在寡糖和糖缀合物合成中的应用情况。第9章比较详细地介绍了糖类药物的特点、结构类型、作用机理及最新的研究进展;第10、11章介绍糖类化合物的分离、纯化及结构分析;第12章概要介绍了当前糖生物学及化学糖生物学的研究内容、研究热点及未来的发展方向。各章节的内容自成体系,但作者也注意了相关内容的衔接与呼应。其中第1~4章由蔡孟深教授执笔完成,第5章由叶新山教授完成,第6~9章由李中军教授完成,第10、11章由林文翰教授完成,第12章由张页副教授完成。全书由蔡孟深、李中军教授统稿和核对。本书是以糖化学教学为目的写成的,可作为相关专业研究生教学用书;同时亦希望能为从事相关研究的科研人员提供帮助。由于糖化学及相关学科的发展十分迅速,而作者因受所从事研究领域、知识结构及时间的限制,书中难免存在缺陷和不妥,敬请同道批评指正!十分感谢在本书写作过程中给予大力支持和帮助的同行、同事及研究生们,尤其要感谢李庆副教授、张健博士、常明研究员、孟祥豹博士协助提供有关的文献资料!感谢化学工业出版社为本书的出版所做的努力!
编者
2006年10月于北京 第1章糖类的命名、分类及结构1
11引言1
111历史背景1
112糖的重要性1
113定义及范围2
114糖的分类2
12单糖的结构、构型及构象2
121单糖的结构2
122非环单糖的构型3
1221Fischer投影式3
1222相对及绝对构型3
1223碳链的延长及降解4
1224D及L族4
1225非环式D葡萄糖的构型5
123环状结构及端基构型9
1231单糖的环状结构9
1232单糖的端基构型11
1233Haworth透视式12
124单糖的构象14
1241呋喃糖环构象14
1242吡喃糖环的构象15
1243端基效应17
1244侧链构象19
125单糖的命名19
126单糖衍生物23
127糖醇23
128环醇23
13简单寡糖的结构24
131寡糖的结构24
132寡糖的构象性质27
133环糊精28
14多糖的结构28
141淀粉29
142糖原29
143纤维素29
144壳多糖30
145胞壁质30
146果胶30
147葡聚糖31
148氨基多糖31
149蛋白多糖32
15DNA、RNA、核苷酸及核苷的结构33
第2章保护基34
21引言34
22端基保护基36
23酯类保护基38
231乙酸及苯甲酸酯38
232新戊酸酯39
233氯、溴及氟乙酸酯39
234区域选择性酰化39
235端基中心的选择性脱酰化反应40
236酰基迁移40
237其他酯保护基41
24醚类保护基42
241苄醚42
242对甲氧基苄醚46
243烯丙醚47
244三苯甲基醚48
245硅烷醚49
25缩醛及缩酮类保护基51
251苯亚甲基缩醛51
252异亚丙基缩酮54
253双螺旋二缩酮(Dispoke)与
环己烷1,2二缩酮(CDA)56
254非环缩醛57
255原酸酯58
256硅烷基缩酮58
26氨基保护基59
261乙酰基59
262邻苯二甲酰基60
263叠氮化物60
264二硫代丁二酰基60
265烯丙氧羰酰基61
266三氯乙氧羰酰基62
27其他保护基62
271光敏保护基62
272酶选择性保护及脱保护62
参考文献64
第3章糖的反应68
31氧化68
32还原71
33卤化73
331端基卤化73
332非端基卤化77
3321置换反应77
3322醇直接卤化80
3323其他方法82
34不饱和糖及碳环衍生物83
341不饱和糖83
3411非端基烯糖83
3412端基烯糖85
342碳环衍生物86
35去氧糖87
351卤化物、磺酸酯及环氧化物还原88
352硫羰基衍生物游离基脱氧89
36脱水糖90
361非端基脱水糖90
362端基脱水糖92
36211,6脱水吡喃己糖92
36221,2脱水吡喃己糖94
37氨基去氧糖94
371用亲核置换制备氨基糖95
372烯糖加成97
373肟还原98
374分子内取代98
38硫酸化糖100
39磷酸化糖101
391非端基糖磷酸酯101
3911磷酸三酯法101
3912亚磷酸三酯法102
3913H膦酸酯法103
392端基糖磷酸酯103
3921端羟基的磷酸化103
3922用糖基化法磷酸化端基103
310歧链糖104
参考文献105
第4章苷键的生成112
41Fischer成苷法112
42卤代糖114
421KoenigsKnorr反应(1,2
trans苷)114
422原酸酯法(1,2trans苷)115
423卤化物催化(1,2cis苷)117
424氟代糖法(1,2cis及1,2
trans苷)118
43三氯乙酰亚氨酸酯法(1,2cis及
1,2trans苷)119
44硫苷法(1,2cis及1,2trans苷)
及其类似物法121
441硫苷法的发展史122
442硫苷的制备122
4421从糖衍生物、一个硫醇及
Lewis酸(端基中心的酸
催化置换)制备122
4422端基中心S亲核性置换
(端基中心碱促进置换)123
4423制备1S糖,随后S烷基化123
4424其他方法123
443硫苷的苷化反应123
4431活化硫苷将其转化为卤代糖123
4432用“亲硫的”亲电剂直接
活化124
4433立体选择性127
444糖基亚砜法(1,2cis及1,2
trans)128
445S黄原酸酯法129
446苯基硒及碲苷法130
45n戊4烯基苷法(1,2trans及1,2
cis)131
451n戊4烯基苷的制备132
452促进剂132
453寡糖合成133
4531直接偶联134
4532n戊4烯基苷溴化反应134
4533n戊4烯基原酸酯135
4534糖肽合成137
46环外端基烯醚及其衍生物法
(1,2trans及1,2cis)138
4611丙烯1基葡萄糖苷138
462异丙烯苷法(1,2trans与
1,2cis)139
463逆异丙烯苷法(1,2trans及
1,2cis)141
464异丙烯碳酸酯法(1,2trans及
1,2cis)142
47烯糖法143
4712去氧糖苷的合成143
4722氨基2去氧糖苷的合成144
4731,2脱水糖的应用146
48三卤代乙酸酯法148
49其他方法150
491三甲基硅醚法150
4923,5二硝基苯甲酸酯法151
493乙酸酯法151
410β甘露糖苷合成151
4101引言151
4102β吡喃甘露糖苷的化学合成152
41021应用不溶的促进剂152
41022氧化还原法154
41023应用卤代2羰基糖154
41024应用分子间及分子内
亲核剂155
41025分子内苷元“传递”156
411核苷合成158
4111引言158
4112KoenigsKnorr法159
4113HilbertJohnson反应160
4114酸催化高温熔融法161
4115Vorbrüggen法161
4116转移糖基化法162
4117三卤代乙酸酯法163
4118N取代核糖胺与咪唑及嘧啶
核苷环合164
41181N取代核糖胺环合得嘧啶
核苷164
41182咪唑及嘧啶核苷环合得
嘌呤核苷165
412碳苷合成165
4121引言165
4122与烷基连接的碳苷合成166
41221端基氧碳离子的亲核
加成167
41222端基内酯的亲核加成167
41223糖基阴离子与亲电剂反应168
41224糖游离基反应168
41225过渡金属调控偶联168
41226其他方法169
4123与芳环连接的碳苷合成169
41231芳环碳负离子对糖C1
位的亲核置换反应169
41232FriedelCrafts反应170
4124C连接核苷171
4125C连接单糖172
4126C连接寡糖172
41261用非环前体合成C双糖法173
41262吡喃糖亚单位的直接偶联174
参考文献177
第5章寡糖的固相合成及组合合成187
51引言187
52寡糖固相合成的策略187
521载体与供体相连策略188
522载体与受体相连策略188
523双向糖基化策略189
53寡糖固相合成中常用的聚合物载体190
531不溶性载体190
532可溶性载体191
54寡糖固相合成中的连接桥192
541硅醚类连接桥192
542对酸或碱敏感的连接桥193
543硫苷连接桥193
544氧化可断裂的连接桥194
545可氢化断裂的连接桥194
546光断裂连接桥195
547利用烯烃金属复分解反应断裂的
连接桥196
55寡糖固相合成中常用的糖基化试剂197
551糖基三氯乙酰亚胺酯197
552糖基亚砜197
5531,2缩水内醚糖198
554硫苷200
555氟代糖202
556正戊烯基糖苷202
557糖基磷酸酯202
56寡糖固相合成产物的检测和分析203
561高分辨魔角旋转核磁共振谱203
562门控去偶13C NMR谱203
563FTIR谱204
57寡糖的组合合成204
571糖的液相组合合成204
572糖的固相组合合成207
58寡糖的自动化合成209
581液相途径209
582寡糖的固相自动合成210
59结语212
参考文献212
第6章复杂寡糖的合成策略213
61寡糖合成应用的糖基化方法213
611硫/硒苷法213
612亚砜糖苷作为糖基供体214
613烯糖法215
614三氯乙酰亚胺酸酯法216
615戊烯苷法(Pentenyl glycosides
method)216
616卤代糖法216
617原酸酯和乙酸酯法217
618烯基糖苷法218
619糖端基磷化物作为供体218
6110糖端基磺酸酯作为供体219
6111其他类型的供体221
62寡糖合成的立体选择性策略222
621糖基供体C1和C2位上的
功能团和构型对寡糖合成
立体选择性的控制222
622邻基辅助或邻基参与的糖苷键的
选择性222
623非邻基参与糖基化反应的构型
控制223
624分子内苷元传递法控制端基
构型223
625基于非糖基正离子途径的糖基化
反应的立体控制229
63寡糖合成的化学选择性策略230
631供体的活化/去活化230
632供体的活化/隐蔽:离去基的
影响230
633正交的糖基化反应232
634反应活性的调整和一釜糖基化
反应232
64寡糖合成的区域选择性策略235
641保护基策略236
642反应活性的调控及内在活性的
利用236
643分子内苷元的传递238
644一釜法中的区域选择性238
65复杂寡糖合成的设计策略239
651线性寡糖合成策略239
652汇聚式寡糖合成策略239
653双向式寡糖合成策略241
654连续糖基化策略或“一釜法”
寡糖合成策略241
66含高碳糖单元寡糖的合成244
67含2脱氧糖单元的寡糖合成246
68酶促寡糖合成248
69聚合物负载的寡糖合成及寡糖库的
构建248
610结语248
参考文献248
第7章糖缀合物的合成253
71引言253
72糖肽、糖蛋白的合成253
721糖蛋白及糖肽的结构特点257
722糖肽合成中的保护基257
7221肽链部分的保护基259
7222糖基部分的保护基259
723糖肽键的形成260
7231N糖肽键的形成260
7232O糖肽键的形成261
7233O连接芳香糖肽键的形成261
7234非天然新糖肽键的形成262
724糖肽合成策略264
7241直接缩合法264
7242基元法264
725结语268
73拟糖蛋白的合成269
731拟糖蛋白的概念、性质及应用269
732拟糖蛋白的合成270
7321无选择性的糖化偶联270
7322化学选择性及位点专一性的
糖化反应275
7323位点选择性的糖化反应276
7324酶催化的糖蛋白的合成277
733展望278
74糖鞘脂的合成278
741糖鞘脂的结构和作用278
742糖鞘脂的合成279
7421糖鞘脂类化合物糖基部分的
合成280
7422糖鞘脂类化合物之神经
鞘氨醇及神经酰胺的合成280
7423糖鞘脂的全合成280
743结语285
参考文献287
第8章酶促寡糖合成291
81糖基转移酶(Glycosyl transferases)291
82糖苷酶(Glycosidase)304
83糖苷酶的分子改造——糖合成酶
(Glycosynthases)308
84与糖苷键形成无关的酶312
85展望312
参考文献312
第9章糖类药物315
91引言315
92糖类药物的概念和特点316
93糖类药物的类型316
931按来源分类317
932依据组成分类317
933按生物作用机制分类319
934依据糖在药物作用的类型分类320
94糖类药物的作用位点(Targets of
carbohydrate therapeutics)326
941作用于胃肠道受体(Gastrointes
tinal receptors)的糖类药物326
942作用于血清受体(Serum recep
tors)的糖类药物327
943作用于细胞表面受体(Cell
surface receptors)的糖类药物327
944作用于细菌和病毒受体(Bacterial
and viral receptors)的糖类药物327
945作用于细胞内受体(Intracellular
receptors)的糖类药物328
946作用于细胞外间质(Extracellar
matrix)的糖类药物328
95糖类药物研究实例328
951糖类疫苗328
9511细菌夹膜多糖疫苗329
9512肿瘤疫苗330
9513HIV疫苗331
9514寄生虫疫苗333
952抗生素334
9521氨基糖苷类抗生素334
9522寡糖类抗生素334
953抗感染药物335
9531抗流感药物335
9532抗胃肠道感染药336
954抗肿瘤药物336
9541肿瘤疫苗337
9542抗肿瘤转移药物337
9543其他抗肿瘤剂337
955糖尿病治疗剂337
956抗炎药物338
9561血管抗炎剂338
9562基于透明质酸的抗炎剂339
9563其他抗炎药物339
957先天代谢缺陷治疗药340
958抗凝血和溶栓药物340
959免疫调节剂341
9510神经疾病治疗剂341
9511糖修饰药物实例342
95111抗生素342
95112癌症化疗药342
95113镇痛药344
9512用于药物转运的糖类化合物344
95121多糖类化合物344
95122用于药物转运的其他
化合物344
96糖类药物的发展趋势345
961开辟广泛的糖类药物来源345
9611糖类化合物库和复杂糖链的
合成345
9612糖类药物的模拟347
9613开发海洋糖类药物资源347
962改造已有的药物347
9621多价糖缀合物的设计、
合成347
9622使用糖类化合物的导向和
定位作用348
9623使用糖类修饰,改变药物的
ADME,延长半衰期348
963开发新型的糖类农药348
964基于结构或作用靶点的糖类药物
设计349
97糖类药物研究的关键技术和存在
难题349
98结语349
参考文献349
第10章糖的分离和纯化355
101糖的分离纯化方法355
1011亲水作用色谱技术355
1012串联制备色谱分离法358
1013糖的膜分离技术358
10131超滤膜在多糖分离中的
应用360
10132天然多糖的分离提纯360
1014活性炭柱色谱361
1015纤维素柱色谱361
1016硅胶柱色谱361
1017硼酸络合物离子交换法362
1018凝胶过滤色谱362
1019石墨化碳柱的高压液相色谱362
10110高效毛细管电泳362
10111生物法分离363
10112寡糖的提取分离实例363
102多糖的分离和纯化363
1021多糖的提取364
1022多糖的分离和纯化365
10221分级沉淀法365
10222色谱分离法366
10223制备性区域电泳367
10224其他方法367
1023多糖的纯度测定367
1024具体实例368
参考文献368
第11章糖的结构鉴定370
111糖的核磁共振性质370
1111糖的1H NMR性质370
1112糖的13C NMR性质371
112单糖的结构鉴定373
113低聚糖的结构鉴定375
1131低聚糖的结构鉴定方法375
1132质谱在糖类化合物结构解析
中的应用376
1133色谱与串联质谱联用技术380
1134低聚糖的结构鉴定实例381
11341罂粟花粉寡糖结构鉴定381
11342 菊淀粉型低聚糖类的1H
NMR和13C NMR研究382
11343四川九节龙中一新四糖三萜
皂苷的结构鉴定386
11344蒺藜皂苷糖残基的全归属389
114多糖的结构鉴定397
1141多糖的结构鉴定方法397
1142NMR技术在多糖结构解析中的
应用398
11421 1D NMR399
11422 2D NMR399
11423 2D NMR 的解析思路400
1143X射线衍射法( XRD )400
1144 圆二色谱(CD)401
115多糖的结构鉴定实例401
1151姬松茸水溶性多糖ABPⅡa的
结构研究401
1152野生云芝中水溶性多糖的结构
研究403
1163D NMR用于寡糖的结构解析404
参考文献410
第12章糖生物学与化学糖生物学412
121引言412
122糖缀合物与糖链413
1221有关概念413
1222人体中糖缀合物的主要种类
及其组成单糖413
1223糖链的方向以及糖链在体内的
合成与分解方式414
12231糖链合成时的逐一添加
过程414
12232糖链合成及单糖代谢过程
中的一酶多步催化或一酶
多类反应416
12233糖链的整块转移418
12234糖链降解时内切酶的
作用420
123糖类相关基因、糖类信息与糖组424
1231有关概念424
1232编码产物直接作用于糖类的
管家基因426
1233突变后具有致死性的糖类相关
基因428
124细胞对糖链信息的编码和加工
修饰429
125细胞对糖链信息的解读430
1251C型凝集素430
1252I型凝集素(Itype lectins)432
1253S型凝集素(Stype lectins)433
1254参与内膜系统蛋白质折叠、
分拣、质量控制的凝集素434
1255R型凝集素(Rtype lectins)434
1256脂结合凝集素(lipidbinding
lectins)434
1257细胞因子凝集素435
1258几丁质酶的几丁质结合结构域
(chitinbinding domain)和几丁
质酶样凝集素(chilectins,or
chitinaselike lectins)436
126蛋白质丝/苏氨酸OβGlcNAcylation
的信号开关作用436
127糖核苷酸分子网络与糖核苷酸
分子库437
1271糖核苷酸分子网络437
1272糖核苷酸分子库438
128糖类信息与人类大脑的进化与
发育438
参考文献439 本书可作为相关专业的本科生和研究生的教材,也可供糖化学、糖生物学领域的科研及教学人员参考。 本书共分12章,内容包括糖化学的基础知识、糖类化合物的合成、分离与结构解析,以及糖化学在药物和酶方面的应用、糖生物化学及最新研究进展。重点介绍了糖化学合成中的保护基化学、糖的化学反应、寡糖的固相合成与组合合成及其合成策略、糖物质的分离纯化与结构鉴定。本书可作为相关专业的本科生和研究生的教材,也可供糖化学、糖生物学领域的科研及教学人员参考。
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