化学信息学 - 陈明旦

出版日期:2005年8月
化学信息学是一门化学、化工与信息科学、计算机科学交叉的新兴学科，它采用信息学方法来解决化学问题。由于计算机和网络已经广泛地应用到各个化学研究领域，许多化学研究学科都与化学信息密切相关。大量的传统学科与信息科学结合发展成为新兴的边缘学科，共同构成了信息化社会的基础。近年来，借助于计算机和网络技术，在化学实验中使用大量的新仪器和新方法，从而得到了大量的实验数据。信息的急剧膨胀与人们有限的学习时间及吸收能力形成了巨大的矛盾，反过来又要求使用计算机和网络技术对海量信息进行高速和精确的处理和利用，对化学信息处理提出更高和更迫切的要求，以达到产生和处理的相对平衡。化学信息的收集、处理、管理和利用，必不可少地要借助信息学的方法和技术。于是，化学信息学随着计算机在化学中的广泛应用和化学信息网络化的不断发展而引起化学家的广泛关注和高度重视。今天，化学信息学已经成为药物和生命科学研究不可缺少的热门工具。
正是由于人们认识到化学信息学对于现代化学研究的重要性，近年来国外部分大学正尝试在化学教育中系统地增加化学信息学课程。化学信息学的发展将推动传统的化学教育模式的改革。2003年德国的Johann Gasteiger和Thomas Engel出版了“Chemoinformatics A Textbook”一书，该教科书系统、全面、深入浅出地介绍了化学信息学的各个研究领域及其研究现状和今后的发展动向。最近，梁逸曾等已经将该书翻译为《化学信息学教程》，由化学工业出版社出版。在国内，化学信息学的教学已经引起高度的重视，中国教育部理科化学教学指导委员会已将化学信息学列入高等学校化学专业和应用化学专业的化学教学基本内容。目前，已经有多所大学都已开设化学信息学或相关的课程，并出版了数种化学信息学教材。
化学信息学作为一门新的教学课程，其课程的要求、内容、教学方式和教材等是课程建设的一项新任务。国外化学信息学的教学侧重于专业方向教学，交叉性强，涵盖广。在国内，化学信息学是化学系各专业方向的必修课程之一，由于课时的限制，其教学内容多侧重于化学文献学，其他的相关内容多分别归属于另外的课程，并已经另有专著出版。本书以化学信息资源检索和化学结构信息可视化为重点，强调现代数据库检索技术的使用，全面地介绍了数据库检索的基础知识、常用文摘数据库、常用全文数据库、常用电子期刊、特种信息资源和常用化学事实数据库等内容。另外，本书重点介绍了化学结构的表示和可视化、分子模型的构建及著名的分子图形软件的使用。为了教学的需要，本书也介绍了重要的印刷类化学文献信息。
本书内容新颖，所介绍的应用软件大多是目前的最新版本，包括 Chem3D 9.0、 ChemDraw 9.0、HyperChem 7.52、Adobe Acrobat 7.01、Reference Manager 11、EndNote 8.02、DS ViewerPro 5.0和MDL CrossFire Commander 7.0等功能强大的著名软件。在本书所介绍的内 容中，Reference Manager和EndNote是著名的文献管理软件，MDL CrossFire Commander 7.0 是著名的 Beilstein/Gmelin数据库检索平台，Current Contents是ISI的低价位产品，而 DS ViewerPro 和 HyperChem 均是优秀的三维分子图形软件。对它们的使用，目前鲜有详细和全面的介绍。另外，本书详细介绍了CA on CD和Web of Science 的使用。多数高等院校师生可方便地使用本书所介绍的大部分数据库、电子期刊和分子图形软件。本书具有较强的实用性和普及性，可作为高等院校的化学、化工和材料及相关专业本科生、研究生的教材，也可供科学研究工作者、专业技术人员和图书情报工作者了解和掌握信息检索与管理等相关知识学习参考。
本书在编写过程中得到厦门大学化学系周朝晖教授、李耀群教授和厦门大学网络中心郭嘉老师的指正，也得到化学工业出版社的热心支持和大力帮助，化学系本科生杨静、陈善慈等同学帮助进行部分素材的制作，在此表示衷心的感谢。由于时间短促，书中难免存在遗漏和不妥之处，敬请读者批评指正。化学信息学目录
目 录
第一章 化学信息概论 1
第一节 化学信息与化学信息学 1
一、化学信息学的产生和发展 1
二、化学信息学的研究领域 2
三、信息资源检索的意义与作用 3
四、化学信息学的课程内容 4
第二节 电子信息和数据库 5
一、电子信息 5
二、数据库 6
三、在线化学数据库 9
第三节 信息检索的方法和步骤 13
一、信息检索方法 13
二、信息检索效果的评价 14
三、信息检索技术 15
四、信息检索步骤 18
第二章 印刷类化学文献信息 23
第一节 图书分类法简介 23
一、图书馆的重要地位和作用 23
二、图书馆图书的分类系统 23
第二节 重要工具书、专著和大全 26
一、工具书 26
二、专著和大全 29
第三节 重要化学期刊简介 31
一、综合性自然科学期刊 32
二、化学学科综合性期刊 32
三、专业性化学期刊 33
四、综论类期刊 36
第四节 化学文摘（Chemical Abstracts） 37
一、CA类目 37
二、文摘编排顺序和格式 39
三、文摘著录内容和格式 39
四、CA中的索引 42
五、CA检索的注意事项 45

第三章 常用文摘数据库 47
第一节 ISI数据库 47
一、ISI数据库简介 47
二、科学引文索引（SCI） 47
三、Web of Knowledge 49
第二节 Current Contents数据库 55
一、数据简介 55
二、浏览文献 56
三、检索文献 59
四、检索结果及处理 62
第三节 Web of Science数据库 64
一、数据库简介 64
二、数据库检索 65
三、检索结果及处理 70
第四节 INSPEC数据库 74
一、数据库简介 74
二、数据库检索 74
第五节 BIOSIS Previews数据库 78
一、数据库简介 78
二、数据库检索 78
第六节 Chemical Abstract数据库 82
一、化学文摘社（CAS） 82
二、CA on CD数据库 84
第七节 EI Village 2数据库 92
一、数据库简介 92
二、数据库检索 92
三、检索结果及处理 95
第四章 常用全文数据库 98
第一节 ProQuest数据库 98
一、数据库简介 98
二、数据库检索 99
三、检索结果及处理 101
第二节 EBSCO数据库 101
一、数据库简介 101
二、数据库检索 102
三、检索结果及处理 105
第三节 Science Direct数据库 105
一、数据库简介 105
二、期刊浏览和检索 106
三、数据库检索 107
四、检索结果及处理 109
第四节 中国期刊全文数据库 110
一、数据库简介 110
二、数据库专栏目录 111
三、数据库检索 111
四、检索结果及处理 112
第五节 万方数据化期刊 114
一、数据库简介 114
二、数据库检索 114
第五章 常用电子期刊 117
第一节 Elsevier Science Onsite 117
一、概述 117
二、浏览 117
三、检索方法 118
四、检索结果及处理 119
第二节 SpringerLink 120
一、概述 120
二、浏览 120
三、检索方法 121
四、检索结果及处理 123
第三节 Wiley InterScience 124
一、概述 124
二、浏览 125
三、检索方法 126
四、检索结果及处理 127
第四节 Kluwer Online 129
一、概述 129
二、浏览 130
三、检索方法 131
四、检索结果及处理 132
第五节 American Chemical Society 133
一、概述 133
二、浏览 133
三、检索方式 133
四、检索结果及处理 135
第六节 Royal Society of Chemistry 136
一、概述 136
二、浏览 136
三、检索方法 137
四、检索结果及处理 137
第七节 American Institute of Physics 137
一、概述 137
二、浏览 138
三、检索方法 139
四、检索结果及处理 140
第八节 PDF文档的创建 141
一、Adobe Acrobat简介 141
二、PDF文档的特点 142
三、PDF文档的创建 143
四、Adobe Acrobat的其他功能 146
第六章 特种信息资源 148
第一节 专利数据库 148
一、专利基础 148
二、中国专利数据库 150
三、美国专利数据库 152
四、欧洲专利数据库 156
第二节 会议文献检索（ISI Proceedings） 161
一、会议文献概述 161
二、ISI Proceedings的使用 161
第三节 学位论文检索 167
一、PQDD博硕士学位论文 167
二、CALIS学位论文库 169
第四节 论文评价与引文索引检索 171
一、论文评价 171
二、引文索引 171
三、期刊引文报告（Journal Citation Reports） 172
第五节 Reference Manager的使用 175
一、RM简介 175
二、文献数据的导入 176
三、RM的检索 179
四、RM与Microsoft Word的结合使用 181
第六节 EndNote的使用 184
一、EndNote简介 184
二、EndNote文献库的操作 184
三、EndNote的文献数据导入 186
四、EndNote的在线检索 188
五、EndNote和Word结合使用 189
第七章 常用化学事实数据库 193
第一节 CrossFile Beilstein/Gmelin的使用 193
一、数据库简介 193
二、检索程序界面 194
三、数据库检索 195
四、检索结果及处理 199
五、应用实例 202
第二节 NIST Chemistry WebBook 207
一、数据库简介 207
二、数据库检索 207
三、检索结果及处理 209
第三节 科学搜索引擎SCIRUS 210
一、概述 210
二、检索方法 211
三、检索结果及处理 213
第八章 化学结构的可视化 215
第一节 化学结构的表示和可视化 215
一、化学结构的表示 215
二、二维化学结构的表示和可视化 216
三、三维化学结构的表示和可视化 217
四、大分子化学结构的表示和可视化 219
五、分子表面的显示 221
六、化学结构的网络表示 221
第二节 ISIS/Draw的使用 226
一、简介 226
二、操作界面 226
三、分子结构图的绘制 228
四、电子转移和原子特征的表示 229
五、化学反应式的绘制 230
六、其他功能 230
第三节 ChemDraw的使用 231
一、简介 231
二、操作界面 232
三、二维分子结构的绘制 235
四、其他功能 239
第九章 三维分子模型设计 242
第一节 分子力学和分子建模 242
一、分子力学基本原理 242
二、分子力场参数化 246
三、三维分子模型的构建 246
第二节 DS ViewerPro的使用 247
一、简介 247
二、操作界面 248
三、分子模型的绘制 250
四、分子模型的显示 251
五、其他功能 255
第三节 Chem3D的使用 257
一、简介 257
二、操作界面 257
三、分子模型的操作 261
四、分子模型的构建 263
五、分子结构数据的测定 266
六、分子的计算 266
七、分子表面和分子轨道图形的显示 267
第四节 HyperChem的使用 269
一、简介 269
二、工具栏的使用 270
三、菜单命令 270
四、使用实例 292
参考文献 295 本书内容新颖，实用性强，适用面广，可作为高等院校有关专业的本科生、研究生教材，也可作为科学研究工作者、专业技术人员和图书情报工作者了解掌握信息检索与管理的学习参考。化学信息学内容介绍:
本书以化学信息资源检索和化学结构信息可视化为重点，强调现代数据库检索技术的使用，全面地介绍了化学信息与数据库检索的基础知识、常用文摘数据库、常用全文数据库、常用电子期刊、特种信息资源、常用化学事实数据库及文献数据的管理等内容。另外，本书重点介绍了化学结构的表示和可视化、分子模型的构建及著名的分子图形软件的使用。为了教学的需要，本书也介绍了重要的印刷类化学文献信息。
本书内容新颖，实用性强，适用面广，可作为高等院校有关专业的本科生、研究生教材，也可作为科学研究工作者、专业技术人员和图书情报工作者了解掌握信息检索与管理的学习参考。
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