原作者：xyj007
CrossFireBeilstein数据库是世界上最大的有机化户还可以在桌面上直接访问期刊上的文献原文。学事实数据库,数据来源为1779～1959年《BeilsteinHandbook》、《Beilstein有机化学大全》从正编到第2检索方法四补编的全部内容和1960年以来的原始文献(各种国CrossFireGmelin/Beilstein数据库有3种基本检索方式:关键词检索(TextSearch)、数据检索(FactSearch)和结构检索(StructureSearch)。关键词检索方法相对简单。数据检索也称为快速检索(EasyDataSearch),对于没有结构的物质的查找十分有效。结构检索对化学工作者来说更加方便,也更直观,只须通过一个画图软件画出化合物(或反应)的部分或精确结构(可以添加各种结构限制),就可以开始检索了。在此基础上,系统还提供了组合检索和二次检索两种高级检索方式,下面就以具体实例详细介绍数据库的各种检索方法。
1 关键词检索(TextSearch)
关键词检索是一种简便易行的文本数据检索, 适
用于检索策略较为简单的查询。用户只需在文本输入
框中输入要检索的关键词,可以输入一个也可以同时
输入多个关键词,多个关键词之间可以进行“near”、“and”、“next”、“not”、“or”以及“proximity”等6种布尔组配。实例1:查找硫酸(SulfuricAcid)的物理和化学性质,具体方法如下:
在文本框中输入SulfuricAcid或者Sulfuricandacid,当多个关键词间的关系为“和”的时候,可以用空格来代替逻辑运算符“and”。截词选框(Trun-cate)为不选,当输入的词不确定时,可以使用截词符,用“?”代替一个字符,用“*”代替任意多个字符,单击截词选框,还可以选择左截断或者右截断,系统默认为右截断。然后点击Search选框的下拉箭头,系统提供了物质(Substances)、反应(Re-actions)和引文(Citations)3种检索方式,用户根据检索要求选择适合的检索方式,本例中选择物质(Sub-stances),然后点击开始检索按钮(StartSearch),进入下一层界面:选择选项(SelectContext)界面。在此界面系统也提供了物质(Substances)、反应(Reac-tions)和引文(Citations)3种方式,用户可以根据自己的要求选择一种或同时选择几种,点击“StartSearch”按钮,系统自动进行检索,跳到检索结果界面。
2 数据检索(FactSearch)
数据检索实际上相当于一个高级检索,它有2种方式:一是在表格编辑窗口直接填写表单,二是在高级检索(AdvancedSearch)界面编辑检索式。表格检索是一种方便灵活而又直观的检索方式,它可以将不同的数据类型用多种逻辑算符进行组配。同时,在检索字段设定时,又可以随时调用各检索字段代码以及有关该字段检索词的索引字典,确保了检索字段代码及检索词输入的准确性;而高级检索界面要求用户直接输入检索式,检索式的输入必须准确,只有专业人员才能做到,所以在日常的检索中我们最常用到的是表格检索。
实例2:寻找一种溶剂,要求它在760毫米汞柱下的沸点<120℃,同时它不能含氯,而且需要知道它的浓度和黏度,具体方法如下:
在检索字段代码(FieldName)输入框中输入
“BoilingPoint(BP)”,由于CrossFireGmelin/Beilstein数据库检索字段都有其固定的代码,在填充表格时,对于不了解的数据域(Field),可以在左上角的文本框中输入关键词,在左侧的索引中查找数据域名(FieldName)。例如,在文本框中输入“boiling”,点击按钮“Find”,左侧的按钮便会自动展开,将其中的BoilingPoint数据域用高亮的背景颜色显示出来,双击BoilingPoint数据域,在字段代码(FieldName)框中自动填上“BoilingPoint(BP)”,然后用同样的方法填上Pressure(BP.P)、Densityoftheliquid(DEN)、DynamicViscosity(DV)和ElementCount(ELC)。在填充数据内容(FieldContent)时,可以直接输入与该检索字段一致的物质性质的数据,也可以通过右侧List所在列的下拉按钮获得帮助。单击“▼”按钮,系统会提供一个对话框来提示如何填写数值,按照页面提示填上相应的数值,然后点击OK按钮,系统自动将数值填充到数据内容(FieldCon-tent)表格中。在数据域名和数据内容的关系(Rela-tion)的设定框中,系统提供了“is”、“Startswith”、“endswith”、“:”、“<”、“<=”、“>”、“>=”以及“Exists”等几种关系,用户根据自己的要求设定相应的关系。在逻辑运算符(Opera-tor)设定框中,CrossFireGmelin/Beilstein提供了
“and”、“or”、“not”、“proximity”、“near”以及“next”等6种算符,用户根据课题要求设定相应的算符。注意:“proximity”不但要求两个条件同时存在,而且两者必须是相关的。然后点击“StartSearch”按钮开始检索。
3 结构检索(StructureSearch)
结构检索是CrossFireGmelin/Beilstein数据库特有的检索方式。它通过内嵌的绘制结构软件ISISDraw,绘制出物质结构或反应结构式,从而达到检索的目的。CrossFire结构编辑器功能强大,不但可以绘制物质结构或反应结构式,还可以对所绘制的结
构进行立体及属性限定。实例3:查询由β-萘己酮制备β-萘甲酸的反应,具体办法如下:
在结构编辑窗口(StructureEditor)内双击或单击绘制结构(DrawStructure)图标,激活内嵌的绘制结构软件ISISDraw,弹出分子结构编辑窗口,系统自动进入编辑模式,利用分子结构模版和系统提供的多项功能键,画出所需的反应式,点击左上角的返回Commander窗口按钮,系统自动返回到Comman-der窗口。然后,用户可以对所画的结构进行限定,如选择FreeSite中的杂原子(Heteroatom)或所有原子(allatom)设定为子结构,对立体结构(Stereo)限定为绝对匹配、不匹配、相关的或者外消旋,还可以对其化合价、同位素、附加环等进行限定,然后点击开始检索按钮。
4 组配检索
CrossFireGmelin/Beilstein数据库提供了丰富的组配检索功能,用户可以把结构图、文本或数据进行联合检索,实现更灵活、更准确、更高效的检索目的。
实例4:检索在JournalofMedicinalChemistry(J.Med.Chem)刊物上发表的关于Cromakalim化合物的文章,并将发表日期限制在1991年,就可以进行化学结构和数据的联合检索,具体方法如下:
在结构编辑框中输入化学结构,然后点击列在左边列表框中的预定义检索项(PredefinedSearchForms)中的书目数据(Bibliographicdata)选项,预先定义好的对话框便会弹出来,在刊物名称框中输入刊物名称缩写“J.Med.Chem”。注意:输入的缩写刊物名称的每个词之间必须用空格隔开。逻辑关系选项框中选择“Startswith”,然后点击OK按钮,系统将数据自动转入数据输入框,点击开始检索按钮进行检索。
5 二次检索
CrossFireGmelin/Beilstein数据库还提供了二次检索功能,用户可以根据自己的检索要求对首次检索结果进行组合,进行二次检索,使检索结果更准确。
实例5:检索合成水杨酸的化学反应,而且反应物不含有苯酚,可以通过如下方式检索:
首先在结构编辑窗口画出水杨酸的结构图,在结构检索选项区选择产物,在检索(Search)选项框中选择反应,开始检索。得到检索结果Q1有627条,然后在结构编辑窗口画出苯酚生成水杨酸的反应,在检索(Search)选项框中选择反应,开始检索。得到检索结果Q2有38条,然后点击左上角的hitsets列表,双击Q1和Q2,Q1和Q2自动添加到数据框中,在逻辑关系选项框中,选择非(not),点击开始检索按钮进行检索,检索结果为Q3有589条。
二 检索结果的显示与输出
1 检索结果的显示
检索完成后,CrossFireGmelin/Beilstein数据库会自动切换到检索结果的界面,显示界面以左右两屏显示:左屏呈树形结构的是所检索物质的条目信息,并以编号Q1,Q2⋯排序,点击编号,可逐级打开该条目下的详细记录,定位记录目标,则相对应的详细信息在右屏显示,右屏可以用网格(Grid)和列表(List)两种方式来显示检索结果,而且可以随意的相互切换。Grid显示方式可以在同一个界面上同时显示多条记录,而List显示方式则在一个界面上显示一条记录的详细信息,包括所查物质的识别信息、反应信息、物理性质、化学性质、参考文献等众多方面的信息,记录中与检索条件相匹配的内容将用高亮的背景颜色显示出来。
2 检索结果的输出
CrossFireGmelin/Beilstein能够灵活的对检索结果进行各种处理,帮助用户以各种方式将检索内容自动生成图表和报告,以Word、Excel或html等多种格式进行存储。用户只需在所需条目的右上角的空白框中做标记,然后选择打印(Print)或复制到报告(CopytoReport),就可以对需要的内容进行打印或保存。
综上所述,CrossFireGmelin/Beilstein是个非常强大的数据库,不仅数据涵盖面非常广,并配有强大的搜索引擎以帮助用户以最简单、最直接、最迅捷的方式来找出所需要的数据,而且无论是建立查询还是显示查询结果的界面的设计都十分合理、简单易用,是化学化工研究者必不可少的网上工具。我们应在检索实践中不断总结经验,争取把系统所提供的功能发挥的更好
