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有机人必学的技能
本主题由 yyx11 于 2007-11-12 00:18 设置高亮
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发表于 2007-11-11 23:07
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有机人必学的技能
化学专业软件ISIS/Draw 的使用
对于一个化学工作者来说,日常工作中大量的学术论文、科研成果报告中经常需要处理一些化学结构式及化学反应式,这就需要一套专业的化学办公软件。ChemWin、ChemSketch、ISIS/Draw、Chemoffice 均为专业化学办公软件,其中尤以 ISIS/Draw与Chem office在国内最为流行。
ISIS/ Draw由MDL Information Systems Inc.开发。以其强大的功能及与MS Office套件极佳的兼容性而在国内化学界广泛流行。其早期版本为1.0版,最新版本为2.2版。该软件为自由软件,无注册自由软件,无注册费无使用期限,但是不能进行商业买卖。
下载和安装
ISIS/Draw2.2有 Windows/NT、Macintosh及其他语言等多个版本。Win 95/NT版本下载网址为:
http://www.mdli.com/down/load/isi.draw/2.2/progs/draw22.zip
,下载文件包大小为4.1M。ISIS/Draw2.2安装完后不含帮助文件。如果你是ISIS/Draw的初学者,对该软件不熟悉,最好下载一个帮助文件包(强烈推荐!)。其下载网址为:
httP://www.mdli.com/down/loads/isis.draw/2.2/progs/help.zip
,文件包大小为 3.1M。(编者按:该软件在本网站可以到软件中心中下载)
程序压缩包下载后,双击Draw22.zip进行安装(Draw22.zip为自解压文件包)。解包后进人标准Windows程序安装向导,按向导提示,依次点击按钮即将文件安装到缺省目录下,并在开始菜单及桌面建立快捷方式图标。
若安装帮助文件,类似相应地双击Help.zip自解包,依次点击“Next”按钮,帮助件将自动安装到Isis/Draw2.2文件夹中。此时在 ISIS/ Draw2.2里点击Help,即可使用即时帮助了。
启动和设置
l、启动:ISIS/Draw2.2可以从开始菜单的“程序”项中启动,亦可以从桌面快捷方式或直接双击SKC文件(ISIS/Draw文件格式*.skc)关联启动。
2、设置:在ISIS/Draw2.2中可以方便地对所绘图形进行预定设置。单击菜单“Options”、“Settings”,即可弹出设置对话框。对话框有9个标签,根据各人的爱好可分别对字体、化学键、结构式、线条、箭头、标尺等等进行风格定置。设置完毕单击右边的“Save”or“Save As”,将自己喜好的风格以.cfg模板格式保存下来。你若嫌繁琐,也可单击右边的“Read”,读取程序自带的9种设置模板,选中后点击“OK”,即会弹出一对话框,询问是否应用于当前窗口,点击OK即可。
基本使用万法及技巧
ISIS/Draw2.2的程序界面是标准的 Win 95窗口,在窗口中点击右键,可以击活快捷工具(早期ISIS/Draw1.0无此功能)。上方是常用的官能团与分子模板工具条,左键点击选取后,直接在窗口中点击即可绘出结构。左边为垂直工具条,依次排有各种工具按钮,选取、3D旋转、橡皮、绘制原子、化学键、链、箭头、括号、文本、线条、多边形等等,有的工具按钮上有“向右的小三角”图标,表明有多重选项,按住左键向右拖,置黑所需工具按钮即可选中。最为可贵的是,ISIS/Draw2.2提供了即时帮助功能,只要你击活任一工具按钮,在按钮下方就会即时显示操作方法和工具按钮的作用,一目了然,无需你在浩瀚的帮助文件中费神地寻找,这充分显示了当今软件“界面友好”的流行趋势。
l、分子式绘制
基本步骤:
(l)在模板工具条或模板上选取相应的官能团,绘出基本框架;
(2)在框架上进行原子、键及分子编辑,绘制出目标结构式;
(3)运行“Chem Inspector”,进行结构式检查,确保所绘结构式的正确性(可选)。
A、运用模板画结构式:模板可以从窗口上方模板工具条选取,也可点击菜单栏上“Template”项,菜单下列有程序自带的数十类几百个模板,从芳环、多元环、羰基化合物到糖、氨基酸等等应有尽有,使用十分方便。点击选取后直接在窗口中欲绘制处点击左键即可。同时窗口上的模板工具条也可根据日常研究工作的需要进行定制。方法是在工具条右边点击右键,击活快捷工具栏,选择“Customize Menu And Tool”,弹出定制对话框,将所需官能团移至工具条上点击“OK”。
B、键、链、原子基团的绘制:单击左边垂直工具条上“Bond”或“Chain”工具按钮,选取单、双、叁键或链,在绘图区单击鼠标左键或按住左键拖动鼠标即可绘制键或链。单击左边垂直工具条上“Atom”工具按钮,在欲绘部位单击左键,即出现文本输入框,可以直接从键盘输人或从下拉菜单中选取欲输人的原子基因。
C、键、链、原子基团的编辑:点击左边工具条上的“Select”按钮,双击欲编辑的键、链和原子基团,即弹出编辑对话框,在对话框中修改完毕后点击“OK”即可。
D、结构图的等比例放大或缩小:使用模板工具栏中的模板在窗口中绘制出的图形往往比实际需要的图形大或小。因此常常需要进行缩放处理。点击“Select”按钮选中图形后,按住右下角拖动即可放大或缩小结构图,同时右上角出现放大、缩小百分比。松开鼠标后,会弹出一个对话框,询问以后绘制的结构图是否按此比例放大或缩小,这样可以保证所有的结构式均为相同尺寸,以免大小不一。
2、反应式的绘制
基本步骤:
按上述方法绘出各反应物及生成物的结构式;点击“Arrow”、“Plus”等工具按钮,在窗口合适位置绘制箭头、加号及其他符号;点击“Select”按钮,选中所有反应物、生成物及加号、箭头等,点击“object”、“Group”,将之组合为一个大的图形对象;选中整个反应式,点击菜单栏上的“Chemistry”、“Run Chem Inspector”,检查反应式的正确性。
A、反应式的编辑:添加、移动或双击欲修改的结构式即可弹出编辑对话框,在对话框中修改完毕后点击OK即可。
B、反应式的排列:选中欲排列的结构式、箭头,符号等,点击菜单栏上“Object”、“Align”,弹出排列对话框,选择排列方式后,点击“OK”。
C、编辑完成后,运行“Chem lnspector”,检查反应式的正确性。
3、图文混排
ISIS/Draw2.2支持图文混排方式。有的反应式需在一定的反应条件下进行,反应条件的描述只有通过文字表达。点击左边工具栏上“Text”按钮,鼠标即变为“+”字形,在欲写文本处单击左键,输人所需的文本,输完后在任一处单击左键即可(不可回车,否则程序认为你在换行)。若双击文本,弹出文本编辑框,同其他文字处理软件一样,你可以选取字体、大小、颜色等等修改文本属性。修改完毕,点击“Select”按钮,选中结构式及文本。点击菜单栏“object”、“Group”,即将结构式与文本组合为一个完整对象,进行整体拷贝、剪切、粘贴等等。
高级使用
l、3-D图形旋转
ISIS/Draw2.2不仅支持二维平面旋转,还可进行立体3-D旋转。选中欲旋转的结构式,点击左边工具栏“3DRotate”按钮,鼠标变为旋转符,点击结构式,按住鼠标左键旋转直至满意角度,即可观察化合物的空间结构图形,这一功能对化合物进行立体结构的分析是相当有用的。
2、分子量及元素分析理论值的计算
结构式绘制完毕后,利用程序内嵌的库函数可以方便地计算出分子量及元素分析理论值。选中欲计算的结构式,点击“ Chemistry”、“ Calculate Mol ValUers”、“Calculate”,即在结构式下方给出计算出的分子量及各元素百分含量,十分方便。
3、模型图的展示
ISIS/DrawZ.2可以展示出所绘结构式的模型图。选中结构式,点击“Chemistry”、“View Molecule in Ras Mol”即调出分子模型展示程序RasMol 2.5版。点击菜单栏上“Display”、“Ball & Stick”,即展示出所绘结构式的模型图。该图形可存为BMP、GIF等图形格式:点击菜单栏“Export”、“BMP”,弹出保存对话框,给出保存路径及文件名,单击“确定”。这一功能对于化学课程的计算机辅助教学无疑是大有稗益的。
其他化学软件
化学专业办公软件在国外品种众多,但国内流通的则较少。像 ChemWin、 Chem Sktch等软件功能较弱,绘制结构较简单的结构式尚可,复杂的结构式则较麻烦,且其图形与Word等文字处理软件的兼客性较差,粘贴时易出错,使用不便。
目前国内最为流行的即为 MDL Information SystemsInc.公司的ISIS/Draw系列及Cambridge Soft corporation的 CS Chem office系列。但CS Chem office为商业软件,且价格不扉,教育版折扣价亦要高达数百美元,正式版要上千美元,相比之下,ISIS/Draw2.2还有许多功能,留待读者仔细揣摩。
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本帖最后由 NIZHIKUN1022 于 2007-11-11 15:09 编辑
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